自iPad於2010年開啟了平板電腦時代以來，打開許多資訊應用的可能性，如何將新興的平板電腦技術運用在數位學習的模式上，也成了教育界的重大議題，多年前即已實驗過的電子書包議題也重新被拿出來討論，新式平板電腦的手指觸控模式被業界普遍地認為相當適用於校園電子書包上，於是在2009年底啟始，第二波一連串的校園電子書包實驗計劃便如雨後春筍般陸續地展開。
然而從電子書包改成行動學習，至目前為止，多年來的實驗成果仍無法具體證明導入電子書包能有效的提昇學生的學習成效，經歸納整理後得出目前仍需克服以下的挑戰：
(1) 完整的數位內容及APP生態系統
目前各家所提供的電子書包方案都尚未針對「內容」、「APP」、「數位輔具」及「收費模式」提出相關的共用發展策略及生態模式，例如：各家廠商如何加入數位內容的供應鏈中？有無交換機制？收費模式為何？而相關的開發平台、語言及格式都尚未有一定的規範或是可長久發展的技術標準，致使現有各家各自持有自已的平台、APP及無法交互使用的內容及工具，也無法與現有的設備介接(例如：原有的投影機、電腦設備、電子白板等)，原本的教學工具無法持續運作，同一個專案中的各項軟硬體的整合性也不高，未來也沒有持續性的服務計劃，如何藉由實驗計劃提出一個校園電子書包應用的參考標準，將是此計劃成功與否的關鍵。
(2) 因應不同使用情境的數位系統
針對硬體的部份，由於學校會有不同的學習場域，並不是每個場域都適合使用電子書包的裝置進行教學，而為了能夠提供整體連貫性的學習體驗，如何提供「單一系統、多樣使用介面」並可以使用「同一個資料來源」來讓學生於不同的場域中學習，而又可以連貫整體的學習歷程，例如：利用線上數位題庫系統出卷給學生，學生在電子書包中若搭配數位教材的課後練習就稱為練習卷(回家作業)，若是在課堂中搭配電子白板就稱為IRS，若是在電腦教室中，則可透過瀏覽器進行模擬考，同一個資料來源可以在不同場域利用不同介面來學習，但都是來自於相同的後端系統，使得學生學習不中斷，利用電子書包的學習歷程介面就可以統計所有的學習狀態。
(3) 可互動、累積、延續的學習歷程
現有的電子書包實驗，完全沒有與縣市自有的學生成績評核系統做整合連結，所以實驗結束之後，最基本的成績、學習筆記等記錄則無法存續，無法做為評核學生學習狀態，而一旦將其裝置回收之後，學生也無法重新再提取其學習的記錄，與過往紙本學習模式的最大差異是：「所有的學習歷程將隨著實驗結束而不復存在」這對於學生使用電子書包學習是一項非常重大的缺陷。
除了學習歷程外，利用數位工具學習的優勢之一就是可以快速與其他學習同儕交換在學習歷程上的經驗，包含訊息交換、共享筆記、課堂互動以及協同合作等模式，若能將這些模式也結合到平台或載具上的APP及教材上，預期可增加學生的興趣、提昇學習的廣度及多元性，而學習也不再只限於固定式的教材，而在於創造透過共同學習所創造出的更種可能性。
(4) 教學模式及老師觀念的改變
「資訊融入教學」的觀念已推廣多年，數位工具所呈現的教學面貌其實可以相當多元，目前的教學方式依然僅是將原本紙本的內容變成數位化，但是教學方式及其觀念仍舊沒有改變，即便使用最新的科技教學工具，若沒有新的教學方式及觀念，依舊達不到創新教學的目的，老師們的觀念可以被改變，但需要相對應合適的工具及觀念教學，否則僅靠少數老師的熱情實驗，終究不會長久。
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